味噌的种类繁多，简单地说，味噌是以黄豆为主原料，再加上盐以及不同的种曲发酵而成，大致上可分为米曲制成的“米味噌”、麦曲制成的“麦味噌”、豆曲制成的“豆味噌” 等，其中米味噌的产量最多，占味噌总产量的八成，比较著名的白味噌、西京味噌、信州味噌等，都是米味噌的一种。若以口味来区别，则可略分为“辛口味噌”及 “甘口味噌”两种，前者是指味道比较咸的味噌，后者则是味道比较甜、比较淡的味噌，这种口味上的差异是因为原料比例不同所造成的，通常曲的比例较重口味，做出来的味噌也较咸，名气颇响亮的“信州味噌”，便是这类辛口味噌的代表；至于关西及其他较温暖的地方，因为平日饮食清淡，制作出的味噌口味也较淡，关西的白味噌及九州味噌，都是颇具代表性的甘味噌
就颜色而言，可分为“赤色味噌”及“淡色味噌”两大类，味噌颜色的淡浅主要是受制曲时间的影响，制曲时间短，颜色就淡，时间拉长，颜色也就变深，“仙台味噌”是较具代表性的赤色味噌。
当今，味噌在日本主要分为三大类：米、麦蒸后，通过真菌繁殖，再与蒸煮的大豆、盐混合制得的米味噌、麦味噌，以及直接在蒸大豆上使真菌生长而制得的豆味噌。因地区不同，大豆和米、麦比例及颜色的不同，构成了富有地方特色、种类繁多的味道。每种味噌又有各自的特色。
大豆、米、麦通过酶分解产生的鲜味（氨基酸类）、甜味（糖类）与生产过程中添加的咸味充分地调和起来，加上酵母、乳酸菌等发酵生成的香气及酸、酯、醇等，使得味噌的味道更醇厚，香气更丰富，更能增进人的食欲。
