羊肚菌一般从低海拔的平原地区到3200m的高海拔地区都有所分布。
羊肚菌多生长在阔叶林或针阔混交林的腐殖质层上。不同种类的羊肚菌对土壤条件的要求也不一致，很多文献报道羊肚菌主要生长于富含腐殖质的沙壤土中或褐土、棕壤等。羊肚菌在火烧后的林地上比较容易大发生。羊肚菌一般在低温、高湿条件下易萌发子实体，因此野生羊肚菌子实体的生长季节一般在每年3-5月或8-9月。有研究表明，羊肚菌的野外发生条件主要取决于上年度11月份的降水量，而当年羊肚菌发生的迟早取决于当年春季5cm表层土壤温度是否稳定通过11.5℃。因此，羊肚菌的发生期受年度的气候条件影响，与发生地区的气温、降雨量和降雨时间的早晚密切相关。一般来说，羊肚菌多发生在土壤湿润或降雨量多而且容易保湿或地下水位较高的环境中。光线对子实体的形成有一定的促进作用，子实体的生长发育具有趋光性。足够的氧气和通风良好的场所是保证羊肚菌正常生长发育的必要条件。
