我国各地都有腐乳的生产，它们虽然由于大小不一，配料不同，品种名称繁多，但制作原理大都相同。通常腐乳主要是由用毛霉菌发酵的，包括腐乳毛霉（Mucor sufu）、鲁氏毛霉（Mucor Rouxianus）、总状毛霉（Mucor racemosus），还有根霉菌，如华根霉（Rhizopus chinensis）等。
首先将大豆制成豆腐，然后压坯划成小块，摆在木盒中即可接上蛋白酶活力很强的根霉或毛霉菌的菌种，接着便进入发酵和腌坯期。最后根据不同品种的要求加以红曲酶、酵母菌、米曲霉等进行密封贮藏。腐乳的独特风味就是在发酵贮藏过程中所形成。在这期间微生物分泌出各种酶，促使豆腐坯中的蛋白质分解成营养价值高的氨基酸和一些风味物质。有些氨基酸本身就有一定的鲜味，腐乳在发酵过程中也促使豆腐坯中的淀粉转化成酒精和有机酸，同时还有辅料中的酒及香料也参与作用，共同生成了带有香味的酯类及其他一些风味成分，从而构成了腐乳所特有的风味。
腐乳在制作过程中发酵，蛋白酶和附着在菌皮上的细菌慢慢地渗入到豆腐坯的内部，逐渐将蛋白质分解，大约经过三个月至半年的时间，松酥细腻的腐乳就做好了，滋味也变得质地细腻、鲜美适口。
随着人民生活水平的提高和国民经济的发展，人们对腐乳的质量要求越来越高。腐乳正在向低盐化、营养化、方便化、系列化等精加工方面发展。我们有理由相信，腐乳这一民族特产将会得到更大的发展。
